Причиной войны послужил отказ испанского монарха Карла IV признать постановление Ордена Рыцарей Мальты о присвоении императору Павлу I звание Великого Магистра. В середине июля 1799 года Россия объявляет войну Испанскому Королевству.
Вопреки всем ожиданиям эта война прошла без потерь и была лишь политическим шагом. Ни одна из сторон не мобилизовала свои войска и уже в сентябре 1801 год был заключен договор о восстановлении дружеских отношений между странами. Российский посол Иван Муравьев-Апостол заявил, что разногласия 1799 года были необоснованными.
Война была прекращена сразу после смерти Павла I, который был убит офицерами в собственной кровати. Многие считают, что заговор формировался с подачи английской короны, которая опасалась, что Россия вступим с ними в войну за Мальту. После убийства Павла I Россия вздохнула спокойно и отменила ряд опрометчивых решений бывшего императора (в том числе и русско-испанскую войну). Период его правления 1796 - 1801 года.
Когда началась французская агрессия во главе с Наполеоном - Испания и Россия заключили крепкий союз и договор о взаимопомощи в борьбе против Наполеона. Сразу после этого император Александр I признал Конституцию Кадиса легитимной (первая испанская конституция).